Fue el propio Ermindo quien lo trajo a probarse en la novena división. Daniel superó la prueba y se quedó en Núñez. Hizo todas las inferiores en el club hasta debutar en Primera. Suplente en el comienzo, se ganó la titularidad gracias a sus goles. Buen cabeceador y rápido en el área (de allí su mote) lo encasillaron como un "punta de lanza" y lejos de la técnica de su hermano. Pero fue un caso de notable evolución. Cuando transfirieron a Ermindo, asumió un poco más la conducción del equipo, se hizo más "armador" y demostró su criterio para el manejo de la pelota y el aprovechamiento de sus compañeros: era el gran servidor de pelotazos para el pique explosivo de Oscar "Pinino" Más.
En 1966, en una extraordinaria temporada, Daniel Onega, fue el máximo goleador de la Copa Libertadores de América, con 17 tantos, récord de mayor anotador en una edición del torneo, que aún esta vigente. Además condujo al equipo argentino por primera vez en su historia a la final del máximo torneo continental.
Fue convocado varias veces para la Selección y estuvo en el equipo de River que, dirigido por Ángel Labruna, entre 1967 y 1970 estuvo siempre al borde del título sin conseguirlo, aunque si fue varias veces Subcampeón. Como a su hermano, le endosaron esa "culpa" de no salir campeón y por eso algún sector de hinchas lo resistió.
Fue integrante de la Selección Argentina de 1966 a 1971 y participó en las eliminatorias de 1969 válidas para el Campeonato Mundial de 1970 en México, que finalmente no se clasificó.
En 1972 pasó a préstamo a Racing Club, donde dejó un buen recuerdo por sus condiciones. En esa temporada el equipo fue segundo de San Lorenzo. Volvió a River, pero su ciclo en la entidad concluyo al finalizar 1973. Se fue a España y actuó allí en el Córdoba hasta 1977.
En 1978 llegó al Millonarios de Bogotá a mediados de la temporada, venia sin ritmo, pues se había retirado al finalizar 1977, sin embargo en pocos partidos recupero su nivel, siendo figura clave para el equipo azul en la obtención del Undécimo Campeonato de Millonarios en el Fútbol Profesional Colombiano. Luego de por fin coronarse campeón, esta vez si se retiró definitivamente del fútbol. Daniel Onega fue uno de los más grandes delanteros de River, un ídolo que al principio debió lidiar con el peso de su propio apellido y con la cara de ser el hermano de un crack fabuloso.
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